Bardzo silne właściwości bakterio grzybobójcze, wysoka aktywność chemiczna, wybitne własności utleniające oraz brak odporności mikroorganizmów na ozon pozwala na jego szerokie zastosowanie w medycynie. Szczególnie korzystny okazuje się w leczeniu tych chorób , u których stwierdza się całkowitą odporność bakterii na rożnego rodzaju antybiotyki i sulfonamidy. Innym ważnym działaniem ozony to poprawa metabolizmu komórkowego przez zwiększenie dostarczenia tlenu do tkanek, co przy braku możliwości magazynowania tlenu przez ustrój jest działaniem bardzo ważnym.
Terapię ozonową stosuje sie przy leczeniu następujących chorób i dolegliwości: